最近ではＷｉｎ９８や２０００の発売も有り、いろいろとパソコン環境が変わって来ています。経験や雑誌からの情報を元に掲載しています。
基本的な内容はPC/AT互換（DOS/V）機です。
Ｑ２、ＨＤＤを２台付けるとＤドライブが割り込んでしまうどうすれば解決しますか？
Ｑ３、Ｗｉｎ２０００とWin9xのマルチブートはどうなの？
A１、
ＦＡＴ１６で有れば２ＧＢ（最大）ずつに分ける、ＦＡＴ３２で有れば、ＯＳ（Ｗｉｎ）、アプリケーション、データは別々のパテーションに分けて入れると良いでしょう。例えば、ＣドライブにＯＳや基本的な物だけにして、Ｄドライブにはアプリケーション、Ｅドライブはファイル＆データ関連でしょう、バックアップも取りやすく成ります。
ＦＡＴ３２の時はWin98SEでは２ＧＢで十分です（環境によりますがWinMEでは４GB、Win２０００では６〜１０ＧＢ、XPでは１０GB以上位）。後は使うアプリケーションを考えて容量を取って上げればＯＫです。データ用もその点に注意すれば良いでしょう、出来ればバックアップの出来る媒体に合わせるのもひとつの考え方です。
例えば、Ｗｉｎ９８や９５は使い込めば使い込むほど、システムが不安定になりがちです。それはアプリケーションをインストールする事によってシステム内のファイルが書き換えられる為です。Win２０００はそれを防いでいますので、システムが安定します。
HDDが壊れる以外では上記の「３つのパテーション」に分けると容易に戻しやすいと思います。Ｗｉｎ９８や９５のシステムが不安定になってもファイルやデータはＥドライブなので保護されます。Ｄドライブのアプリケーションもほぼ同様の事が言えると思います。
現在ではWin２０００とXPで使っていますがやはり、データ用に分けると良いと思っています。HDDが物理的に壊れていなければ、Cドライブ（基本OS）のみを初期化すればデータが死ぬことは有りませんのでお薦めです。
Ｑ２、ＨＤＤを２台付けるとＤドライブが割り込んでしまうどうすれば解決しますか？
Ａ２、
解決方法は、ＦＤＩＳＫで最初に区切るときに２台目には基本領域を設定せずに拡張領域のみにすれば、割り込むことは有りません。PC-98に至っては違いますので注意してください。